Później, podczas powstawania państwa polskiego, centrum osady przeniesiono na wzgórze, gdzie dziś znajduje się kościół parafialny. Przed rokiem 1350 powstała parafia Bochotnica z drewnianym kościołem p.w. św. Jana Ewangelisty.
Lokacja wsi została dokonana na prawie niemieckim. Należała do patronatu królewskiego i była dobrze uposażona (wieś Cynków, ziemia, łąki, młyny). Pobudowano także dwór, którego pozostałością jest Oficyna Pałacowa w parku Zdrojowym. W 1523 r. właścicielami wsi zostaje rodzina Samborzeckich - bogatych właścicieli ziemskich, którzy przyczynili się do powstania klucza bochotnickiego.
Wkrótce nadeszły czasy reformacji i zajęcia dóbr parafialnych przez Mikołaja Samborzeckiego. Pierwotny kościół zostaje zniszczony i w 1593 r. odbudowany przez Stanisława Samborzeckiego p.w. św. Jana Chrzciciela.
Wiek XVII i XVIII to czasy licznych wojen przetaczających się przez te tereny, które doprowadziły do upadku gospodarczego Bochotnicy. Zmiany następują w 1751 r., kiedy to właścicielem klucza bochotnickiego zostaje Stanisław Małachowski, herbu Nałęcz. Buduje zespół pałacowo-parkowy, a także obecny murowany kościół (wraz z rodziną Gałęzowskich) w stylu baroku prowincjonalnego. Nazwę Bochotnica w 1772 r. zmienia na Nałęczów.
Tak kończy się dziesięciowieczna historia dawnej osady i rozpoczyna nowa - historia nałęczowska, która w skrócie wygląda następująco.
1796 - początki zakładu kąpielowego powstanie listopadowe- rosyjskie wojsko kompletnie rujnuje majątek Małachowskich
1864 - wyprzedaż majątku i ukaz o uwłaszczeniu
1877 - wydzierżawienie dóbr Małachowskich przez Fortunata Nowickiego
1880 - przyjeżdżają pierwsi goście do sanatorium
1880 -1914 - złoty okres Nałęczowa
I wojna światowa - zniszczenie Nałęczowa poprzez rabunkową gospodarkę
1928 - uzyskanie statusu uzdrowiska
1929 - Nałęczów stolicą gminy II wojna światowa- upadek Nałęczowa, ginie kilkuset mieszkańców
1945 -potyczka żołnierzy WiN-u z NKWD w Lesie Zakładowym
1954 - powstaje Przedsiębiorstwo Państwowe "Uzdrowisko Nałęczów"
1963 - Nałęczów otrzymuje prawa miejskie
lata 70. - szybka rozbudowa miasta
Pomimo likwidacji nazwy Bochotnicy jako miejscowości, w języku potocznym nadal jej używamy i bynajmniej nie dotyczy to tylko samej ulicy Bochotnica, ale i całej okolicy Wzgórza Kościelnego. To wzgórze jest swoistym pomnikiem historii Nałęczowa i okolic.
Mamy tu kościół z fundacji założycieli miasta -trzynawowy z drewnianymi ołtarzami, a także cmentarz, powstały w 1816 r., na którym spoczywają powstańcy i inni ludzie zasłużeni temu miejscu: Michał Andriolli, założyciele uzdrowiska, Ewa Szelburg-Zarembina, Gliński, Kononowicz, Werniccy, Oktawia Żeromska i wielu innych. Warto zatrzymać się w tym miejscu, by lepiej poznać historię swojego miasta.