Sytuacja szkoły zmieniła się radykalnie z dniem 1 stycznia 1996 roku. Tego dnia organem prowadzącym szkołę został Urząd Miasta i Gminy w Nałęczowie.
   W maju 1996 roku odbył się konkurs na dyrektora szkoły. Konkurs nie wyłonił nowego dyrektora. Mimo planowanego odejścia na emeryturę jeszcze przez rok funkcję tę pełniła dotychczasowa pani dyrektor K. Sygnowska. Ponowny konkurs zorganizowany został rok później. W jego wyniku od dnia 1 września 1998 roku funkcję dyrektora objął Grzegorz Filip.

NOWA SZKOŁA
   Koniec lat 90. to okres wdrażania w Polsce wielu zakrojonych na szeroką skalę reform. Jedną z nich była reforma oświaty, której konsekwencją było powstanie, zlokalizowanego w budynku naszej szkoły, Gimnazjum Publicznego. Zmieniony został również stopień organizacyjny szkoły podstawowej, która jak przed laty ponownie stała się szkołą sześcioklasową.
   26 września 2001 roku miało miejsce jedno z ważniejszych wydarzeń w historii szkoły. Rozpoczęła się rozbudowa budynku szkoły. Uroczystego przecięcia wstęgi, w dniu 24 kwietnia 2002 roku dokonała Przewodnicząca Rady Miejskiej w Nałęczowie, p. Elżbieta Mokrzan - Rosiak. Poświęcenia dokonał ksiądz proboszcz Aleksander Plewik . W nowym skrzydle znalazły się cztery sale lekcyjne. Zgodnie z zamierzeniem zlokalizowany tam został blok nauczania zintegrowanego oraz oddział sześciolatków. Po części oficjalnej zaproszeni goście, nauczyciele i uczniowie obejrzeli część artystyczną pt. "Nasza szkoła jest wesoła", przygotowaną przez uczniów klas młodszych.