Już wtedy gród nazywany był Bochotnicą - od płynącej wąwozem u podnóża wzgórza rzeczki Bochotniczanki (od słowa bochot - plusk, chlupot). W okresie powstania państwa polskiego środek osady został przeniesiony (prawdopodobnie, po zniszczeniu, odbudowano go w innym miejscu) na wzgórze kościelne, gdzie stoi dziś kościół parafialny, a w średniowieczu stała także budowla obronna. W I połowie XIV wieku w Bochotnicy powstaje parafia (kościół p.w. św. Jana Ewangelisty). W tym wieku także dokonano lokacji wsi na prawie niemieckim, wkrótce potem powstał folwark, - dwór posadowiono w rejonie obecnego pałacu Małachowskich - do dziś stoi pochodząca z tego okresu budowla, zwana oficyną pałacową. Położenie Bochotnicy sprzyjało rozwojowi: powstały młyny, stawy rybne, zajazd. W 1523 właścicielami wsi została rodzina Samborzeckich, która w ciągu 100 lat wykupiła wiele dóbr ziemskich na terenie parafii od okolicznej drobnej szlachty - wtedy powstał klucz Bochotnicki. Burzliwy przebieg miała na terenie Bochotnicy reformacja: Mikołaj Samborzecki zajął zbrojnie wszystkie dobra parafii; zniszczono też sam kościół, który został odbudowany - p.w. św. Jana Chrzciciela, przez dziedzica Stanisława Samborzeckiego. XVII i początek XVIII wieku to okres upadku gospodarczego Bochotnicy, związanego wojnami i przemarszami wojsk.


     W 1751 roku właścicielem klucza bochotnickiego został starosta Wąwolnicki, Stanisław Małachowski herbu Nałęcz. Od nazwy herbu pochodzi nazwa początkowo folwarku, a potem całej miejscowości, a także dzisiejszy herb miasta, który powstał z połączenia herbu Nałęcz i Pilawa, herbu jego żony, Marianny z Potockich. Około 1770 roku Małachowski rozpoczął budowę rezydencji - do dziś jest to najbardziej atrakcyjny zabytek architektoniczny Nałęczowa. Kilka lat trwająca budowa została zakończona dopiero w 1775, urządzono ozdobny park, Stanisław Małachowski dokończył też budowy kościoła murowanego.
     Po śmierci ukochanej żony, zmienił tryb życia na hulaszczy, a wynikłe z tego długi zmusiły go do sprzedaży klucza nałęczowskiego. Nabywcą był Antoni Małachowski, daleki krewny Stanisława. A jako, że był chory na podagrę, leczoną wówczas kąpielami w wodzie żelazistej, "odkrył" źródła wody w Nałęczowie. Wody nałęczowskie wykorzystywane są na szerszą skalę dopiero po jego śmierci w 1796 roku przez jego rodzinę. Takie były początki zakładu kąpielowego, który bardzo szybko zdobywał popularność. Zbudowano dla gości duży budynek, obecnie "Stare Łazienki". Szybki rozwój uzdrowiska został przerwany w czasie Powstania Listopadowego, kiedy to rosyjskie wojsko kompletnie zrujnowało majątek Małachowskich, a zwłaszcza łazienki, których właściciele już nie odbudowali. Próbowali poprawić sytuację majątku przez produkcję cukru - buraki przerabiano w pomieszczeniach dawnych łazienek - ale interes się nie udał i Małachowscy sprzedali majątek. Rozpad klucza - sprzedany - przyspieszył ukaz o uwłaszczeniu z 1864 roku.


     było dziełem trzech lekarzy - sybiraków: Konrada Chmielewskiego, Wacława Lasockiego a zwłaszcza Fortunata Nowickiego: który w 1877 wydzierżawił dobra Małachowskiech. Trakt Lublin - Kazimierz wyprowadzono z terenu parku (wtedy przebiegł ulicą Armatnia Góra), stację kolejową (linia biegła od 1876 roku) przemianowano na stację Nałęczów. Powołana została spółka, do prowadzenia zakładu Leczniczego, która wyremontowała pałac, obudowała łazienki, i dzisiejszy budynek sanatorium nr 1. Pierwsi goście zjechali w roku 1880. Następne lata, aż do wybuchu pierwszej wojny światowej, to złoty okres Nałęczowa, który stał się bardzo ważnym punktem na mapie życia kulturalnego narodu. Przebywa tu nie tylko wielu wybitnych lekarzy, ale też literaci, wśród nich Henryk Sienkiewicz, Bolesław Prus. Obecność inteligencji wpływa na podniesienie poziomu miejscowej oświaty, rozwija się spółdzielczość, dobre wyniki gospodarcze zakładu leczniczego i napływ gości podnoszą ogólny poziom życia w miejscowości.
     Rozwój załamuje się w momencie wybuchu Wojny Światowej. Zniszczony przez rabunkową gospodarkę okupantów, Nałęczów odradzał się powoli w II Rzeczypospolitej. Rozwojowi sprzyjało stanowieni Nałęczowa stolicą gminy w 1929 roku, a zwłaszcza, rok wcześniej, uzyskanie statusu uzdrowiska - powołana wówczas Komisja Zdrojowa dbała o rozwój Zakładu Leczniczego (mimo kryzysu rocznie odwiedzało Nałęczów ok. 2,5 tys kuracjuszy) i całej miejscowości: objęła ochroną tereny zielone, uporządkowała główne ulice, budowa sieci elektrycznej. W 1935 zbudowano połączenie drogowe z Lublinem i Kazimierzem Dolnym a także drogę do nowej stacji kolejowej. Nałęczów stawał się coraz bardziej popularny; bywali tu: marszałek Rydz-Śmigły, minister Beck.


     Zajęcie przez Niemców uzdrowiska na potrzeby wojska skończyło się jego dewastacją, co w połączeniu z rabunkową eksploatacją gospodarczą całej miejscowości doprowadziło do jej upadku. W czasie wojny zginęła większość z 200 nałęczowskich Żydów i kilkudziesięciu Polaków.


     Zakończenie wojny nie przyniosło wielkiej zmiany; Nałęczów nadal pozostawał zwykłą wioską, i nadal ginęli ludzie: 19 maja 1945 roku w Lesie Zakładowym w południowej części Nałęczowa w walce z NKWD zginęło 17 żołnierzy WiN z oddziału "Szatana".[WIĘCEJ]
     Dopiero od 1954 roku, kiedy to powołano Przedsiębiorstwo Państwowe "Uzdrowisko Nałęczów", które przejęło zdewastowane obiekty Zakładu Leczniczego, następuje odbudowa i rozwój uzdrowiska. W latach 1959-60 przebudowano główne ulice miejscowości, wyremontowano pałac Małachowskich, przywracając jego pierwotny wygląd. W 1963 roku Nałęczów otrzymuje prawa miejskie. Szczególnie w latach siedemdziesiątych następuje szybka rozbudowa miasta powstaje: Szpital Kardiologiczny i kolejne sanatoria i obiekty uzdrowiskowe, powstają nowe bloki mieszkalne. W celu ochrony charakteru zabudowy miasta zespół architektoniczno - krajobrazowy Nałęczowa zostaje wpisany do rejestru zabytków województwa lubelskiego.